Малоизвестное происхождение капитана Немо. Он - индийский принц, ученый и бесстрашный мститель и однажды решает бороться против жестокости и угнетения. Действие начинается в 1857 году, когда могущественная Британская Ост-Индская фирма управляет огромными территориями благодаря своим армиям и флоту, собирая сокровища покоренных стран. В Кальпани, Индия, тайно строится уникальный подводный корабль — «Наутилус». Созданный для подводных исследований, этот гигант скоро превратится в мощный боевой аппарат, орудие для усиления контроля кампании. Проект вверен заключённым из колониальной тюрьмы, которых принуждают к работе. Среди них — человек, спроектировавший двигатель судна и задумавший восстание. Он готовится захватить судно и ускользнуть в море, но внезапные планы отправить «Наутилус» в Бомбей на несколько дней раньше угрожают сорвать его замысел. Команда отправляется в опасное путешествие по морям с целью свергнуть компанию и ее разрушительную власть раз и навсегда.